Il Palazzo dell'Archiginnasio viene eretto a Bologna fra il 1562 ed il 1563, per volere del Legato pontificio in città, il cardinale Carlo Borromeo, su progetto dell'architetto bolognese Antonio Morandi detto Terribilia, con lo scopo, nel clima culturale del Concilio di Trento, di dare una sede unitaria all'insegnamento universitario, fino ad allora disperso in vari edifici. Il Palazzo presenta all'esterno un lungo portico di 30 arcate e si articola in due piani intorno ad un cortile centrale a doppio ordine di logge. Due ampi scaloni conducono al piano superiore, dove si trovano le antiche sale di studio dei Legisti (studenti di giurisprudenza) e degli Artisti (studenti di altre materie). Legisti ed Artisti potevano eccedere alle aule studio del primo piano solo salendo due scaloni separati, così come separate erano le Aule Magna: l'attuale Sala dello Stabat Mater per i Legisti, mentre gli Artisti avevano a disposizione l'attuale Sala di Lettura della Biblioteca Comunale. Le pareti delle sale, le volte degli scaloni e dei loggiati, sono ancora oggi fittamente decorate da iscrizioni e monumenti celebrativi dei maestri dello Studium e da circa 6.000 stemmi e iscrizioni celebrative dei professori e degli studenti che hanno frequentato questa università.
L'edificio cessa la sua funzione universitaria nel 1803. Oggi è sede della Biblioteca più grande dell'Emilia-Romagna, che conserva importanti testi nelle discipline storiche, filosofiche, politiche, letterarie, artistiche, biografiche e bibliografiche ed una sviluppata sezione dedicata alla cultura bolognese. Al piano terreno alcune delle antiche aule sono occupate dalla Società Medica Chirurgica e dall'Accademia di Agricoltura. Al centro, nel lato orientale del cortile, davanti al portone d'ingresso, si trova la Cappella di Santa Maria dei Bulgari, con i resti del ciclo di affreschi Storie della vita della Vergine (1591-1594) del pittore bolognese Bartolomeo Cesi. Al primo piano del Palazzo si trova il Teatro anatomico, costruito su progetto di Antonio Paolucci, detto il Levanti, nel 1637. E' una sala dedicata allo studio dell'anatomia costruita in legno d'abete e decorata con due ordini di statue raffiguranti in basso dodici celebri medici: Ippocrate, Galeno, Fabrizio Bartoletti, Girolamo Sbaraglia, Marcello Malpighi, Carlo Fracassati, Mondino de' Liuzzi, Bartolomeo da Varignana, Pietro d'Argelata, Costanzo Vagoli, Giulio Cesare Aranzio e Gaspare Tagliacozzi, precursore della rinoplastica e la sua statua, sulla parete opposta alla cattedra, raffigura il medico che regge in mano un naso. In alto, sopra le statue, venti dei più famosi anatomisti dello Studio bolognese. Il soffitto a cassettoni, realizzato nel 1645 da Antonio Levanti, è decorato con figure simboliche rappresentanti quattordici costellazioni e al centro Apollo, nume protettore della medicina. La cattedra del lettore, che sovrasta quella del dimostratore, è fiancheggiata da due statue dette Gli Spellati, scolpite nel 1734 su disegno di Ercole Lelli, famoso ceroplasta dell'Istituto delle Scienze. Sopra al baldacchino una figura femminile seduta, allegoria dell’Anatomia, riceve come omaggio da un putto alato non un fiore, ma un femore.
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