Palazzo d’Accursio è la sede del governo della città di Bologna, da quando, nel 1336, diventa residenza degli Anziani, la massima magistratura della città. Più che un palazzo, è in realtà un complesso architettonico, un insieme di spazi e di edifici che si sono modificati ed aggregati nel corso di otto secoli, sull'onda delle trasformazioni storico-politiche. Mantiene ancora il nome di Accursio, il maestro di diritto nello Studio bolognese, che cedette al Comune, sul finire del Duecento, il primo nucleo di un palazzo che sorgeva dove oggi si erge la torre dell’orologio.
Le trasformazioni e gli ampliamenti del Palazzo si adattano all'evoluzione storica del tempo. Nei primi secoli di vita, Palazzo d'Accursio è testimone del tentativo della Chiesa di Roma di imporre la propria supremazia sul governo locale, rappresentato sia da organi collegiali, che da Signorie, tra le più importanti quelle dei Pepoli, dei Visconti e dei Bentivoglio. Lo scontro tra Stato e Chiesa, che ha visto in più riprese alternarsi le due fazioni al comando della città, si risolve nel giugno del 1512, con la cacciata definitiva dei Bentivoglio da Bologna e la costituzione si una sorta di governo misto, retto da un lato dal Senato, formato dalla nobiltà bolognese, dall'altro dal Cardinale Legato, nominato dal Papa ogni tre anni. Tale situazione si mantiene sino al 1796, quando i francesi del generale Bonaparte entrano in città.
Con la stabilizzazione del poter politico, il Palazzo viene rimodellato per le esigenze delle due istituzioni che governano la città. Bologna aveva ormai assunto il rango importante di seconda città dello Stato Pontificio e quindi, per ospitare il Cardinal Legato, suo rappresentante, vengono creati appartamenti e cappelle riccamente affrescati. Oggi sono sede delle Collezioni Comunali d’arte.
Parimenti il Senato si dota nel tempo di sale di rappresentanza degne del suo rango, prima tra tutte la sala consiliare, la stessa in cui oggi si riunisce il Consiglio comunale. Non mancavano le stalle e gli alloggi per le milizie svizzere, che qui risiedevano con le loro famiglie. Dal 1568 Ulisse Aldrovandi, sul terreno in cui oggi si trova la Sala Borsa, crea un orto botanico, il Giardino dei Semplici. Ai primi del Cinquecento risale l’inizio della costruzione dello scalone a cordoni, attribuito a Bramante, per consentire al Papa di raggiungere il piano cerimoniale a cavallo o su una lettiga.