La famiglia Caprara è presente sulla scena politica bolognese sin dal ‘300. I Caprara si arricchiscono esercitando le attività di merciai e di tintori, entrando così nel Senato cittadino nel 1616. In previsione di questo evento Francesco Ercole Caprara, importante notaio bolognese, nel 1561 avvia l’edificazione di un suo Palazzo di grandi dimensioni, una sorta di palazzo di rappresentanza al fine di esaltare l'ascesa economica della propria famiglia. Questa vocazione di palazzo di rappresentanza si è conservata negli anni, tanto da divenire dal 1927 sede della Prefettura di Bologna. Nel 1602 venne chiesta al Senato di Bologna l'autorizzazione ad abbattere il vecchio portico su via delle Asse, antica denominazione dell'attuale via IV Novembre, per costruire una nuova facciata, tradizionalmente attribuita all'architetto Francesco Morandi detto il Terribilia, ed in epoca più recente a Niccolò Donati (1580 -1612).
All’inizio del ‘700 Maria Vittoria Caprara in Montecuccoli compra il palazzo a fianco dalla famiglia Amorini per unirlo al suo chiudendo via Trevisana, affidando i lavori di completamento del cortile interno e la progettazione del monumentale scalone probabilmente all'architetto Giuseppe Antonio Torri (1665 -1713) ed al suo allievo Giuseppe Torreggiani, scalone forse ultimato da Antonio Laghi. Napoleone Bonaparte è ospitato a Palazzo Caprara nel 1805 e nel 1806 lo acquista da Carlo Caprara, per donarlo nel 1807 alla neonata Josephine, primogenita del figliastro Eugenio de Beauharnais e di Amalia Augusta di Baviera, cui concede anche il titolo di Principessa di Bologna.
Nel marzo del 1819 l'Imperatore d'Austria Francesco I è in visita in città con la famiglia e alloggia a Palazzo Caprara. Nel 1837 il palazzo e gran parte delle sue ricche collezioni vengono acquistate dal marchese genovese Raffaello de' Ferrari. Nel 1877 la vedova decide di donare la proprietà ad Antoine d'Orleans, duca di Montpensier, e con questo nome Palazzo Caprara era conosciuto a Bologna nei primi decenni del XX secolo. Il nuovo proprietario rende ancor più fastosa la residenza ma già nel 1925, per sopravvenute difficoltà finanziarie, si vede costretto a vendere l'edificio allo Stato italiano, che nel 1927 ne fa la sede della Prefettura, funzione che ricopre anche attualmente
La presenza della famiglia Magnani a Bologna è documentata fin dal secolo XIII. Prima di esercitare la proficua arte del cambio, i Magnani esercitarono l’attività di magnani, ossia fabbri. Nel 1511 ebbero il grado senatorio dai Bentivoglio. Lorenzo Magnani iniziò nel 1577 i lavori di costruzione del palazzo di via Zamboni 20 (già Strada San Donato), lavori ultimati nel 1577, come attesta un’iscrizione posta sul camino (opera di Floriano Ambrosini del 1592) della gran sala. Il palazzo, di dimensioni non troppo vaste, costituisce una delle testimonianze più importanti della cultura bolognese, perché giunto a noi pressoché intatto, sia nella struttura architettonica attribuita a Domenico Tibaldi, sia per uno di cicli pittorici più interessanti del panorama bolognese, quelli del salone d’onore al piano nobile affrescato dai Carracci (Ludovico, Agostino e Annibale), che nelle Storie di Roma compongono il loro primo ciclo pittorico laico.