Domenico muore a Bologna il 6 agosto 1221, dopo aver trasferito la sua comunità monastica, dal primo insediamento in Santa Maria della Mascarella, alla Chiesa di San Nicolò delle Vigne, nel luogo in cui ancora oggi sorge la Basilica di San Domenico. In un primo tempo il suo corpo viene sepolto dietro l’altare maggiore della Chiesa di San Nicolò. In seguito, gli stessi Frati dell'ordine domenicano daranno vita ad una Chiesa più grande, consacrata nel 1251, nella quale poter conservare degnamente le spoglie di Domenico, ancora oggi presenti nella Cappella del 1347 a lui dedicata, all'interno di un Arca marmorea. L'Arca ha origini antiche ed è il risultato del lavoro di diversi artisti. Il primo nucleo è opera di Nicola Pisano e dei suoi allievi, che del 1267 realizzano un sarcofago marmoreo, ornato con pannelli descriventi episodi della vita del Santo, per racchiudere al suo interno la cassa di cipresso con i suoi resti. Nel 1469 Niccolò de Apulia, in seguito detto dell’Arca per i lunghi lavori eseguiti sull’Arca stessa, viene incaricato di costruire un coronamento marmoreo al sarcofago, completato alla sua morte, nel 1494, dal giovane Michelangelo. Questi, tra il 1494 e 1495, scolpisce le statue di San Petronio, San Procolo e un angelo che regge il cero. Nel 1532, Alfonso Lombardi realizza la predella posta sotto il sarcofago, ai lati ella quale sono posti i due angeli che reggono il cero, opere di Niccolò dell’Arca e Michelangelo. Il tutto verrà poi posto sull’altare con paliotto in cui è raffigurata la sepoltura di San Domenico, disegnata da Carlo Bianconi e scolpita a Parma da Giovanni Battista Boudard nel 1768. Dietro l'Arca è conservato il prezioso reliquiario del 1383, opera dell’orafo Jacopo da Bologna, detto Roseto, creato per contenente il capo di San Domenico quando veniva portato in processione per le vie della città in occasione della festa del Santo.
